Sektorji
Inštitut sestavlja pet sektorjev: štirje izvajajo raziskovalno in razvojno dejavnost, ki je glavna dejavnost inštituta, Sektor skupnih služb pa zagotavlja podporno dejavnost.
Sektor za hidrologijo in hidravliko
Raziskovalna in razvojna dejavnost
Sektor za biološke in ekološke znanosti
Raziskovalna in razvojna dejavnost
Sektor za kakovost voda, vodooskrbo, odvajanje in čiščenje odpadnih voda
Raziskovalna in razvojna dejavnost · Laboratorij IzVRS
Sektor za informacijske tehnologije
Raziskovalna in razvojna dejavnost
Sektor skupnih služb
Podporna dejavnost
Center za raziskovalno dejavnost
Posvetovalno telo direktorja
Center za raziskovalno dejavnost je stalno posvetovalno telo direktorja, ki povezuje delo raziskovalnih in razvojnih sektorjev. Skrbi za pripravo raziskovalnih programov, pripravo načrta znanstvenih izobraževanj, spremljanje raziskovalnih projektov, spodbujanje znanstvenih in strokovno-raziskovalnih objav ter pripravo poročil o znanstveni dejavnosti inštituta.
Organiziranost inštituta
Inštitut za vode Republike Slovenije (IzVRS) je javni zavod, ki s svojim delovanjem prispeva k raziskovalni in razvojni dejavnosti na področjih naravoslovja in tehnologije. Dejavnosti izvaja skladno z aktom o ustanovitvi in vpisom v sodni register Okrožnega sodišča v Ljubljani.
Inštitut se organizacijsko členi na 4 vsebinske sektorje in sektor splošnih služb. Za izvajanje posameznih projektov ali nalog se oblikujejo projektne skupine; vodjo naloge in sodelavce s sklepom določi direktor ter opredeli njihove obveznosti.